綠色印刷政策存在的問題基於調查結果，綠色印刷政策的問題可歸納為兩個方麵：一是綠色印刷政策本身存在問題，二是政策的落實過程中存在問題。
蘇州印刷公司一位負責人透露：
一是綠色印刷政策本身存在問題
（1）政策扶持的力度小
政策對已認證企業優惠力度不足，政策覆蓋麵不夠廣，很多認證企業享受不到政策支持；沒有對中小企業轉“綠”的特殊政策，中小企業很難提高自身實力；已經出台的扶持政策大多為政策補貼，是需要企業先自行墊付轉“綠”費用，才可能享受到補貼。此種方式從時間上講並沒有減輕企業資金壓力。設備升級、廠房改造、原材料更換等綠色基本投入資金巨大，超過了企業所能承受的極限。這大大挫傷了企業綠色化的積極性，限製了企業的綠色化發展。
（2）部分政策指標要求過高
為了方便管理，達到綠色指標要求，個別地方環保部門急功近利，製定過高的綠色印刷標準指標，忽視了印刷企業實際情況和現有的技術水平，致使企業現有的工藝水平無法達到要求，企業撤離、倒閉等現象時常發生，一定程度上阻礙了印刷業的發展。
（3）缺少對印刷供應鏈的認證監管 體現大部分被調查企業都從原輔材料、印刷設備、廢物回收處理方麵著手實施綠色印刷。但調查中企業反映，一方麵由於國家缺乏對印刷供應鏈的相關認證，導致印刷原料、設備的供應是否綠色安全鑒定難度高，供應商所提供的產品質量參差不齊，很多供應商達不到認證標準。另一方麵，即使有時候檢測企業提供的檢測報告尚無疑點，但在實際使用中總有不合格問題產生，這直接影響印刷企業在推進轉綠過程中產品不過關，造成“汙染責任轉移”。
二是政策的落實過程中存在問題
（1）認證過程費用過高
谘詢公司的認證輔導培訓費用、企業認證費用、複審費用等不但需要企業自己承擔，還要花費人工和轉“綠”成本，再加上政策本身扶持力度小、覆蓋麵窄、吸引力不足，企業轉“綠”經濟壓力增大，使得一部分企業也不得不放棄綠色印刷的認證。另一部分企業即便進行了認證，到期也不再進行複審，企業轉綠不能持續推進；綠色印刷實施的廣度和深度都受到了製約。
（2）部分環保執法人員缺乏專業知識
環保部門內部的員工整體素質良莠不齊，有部分員工在綠色印刷政策上的理解十分有限，尤其對綠色印刷材料、工藝、技術、設備、甚至印企的管理等方麵缺乏專業知識，不能正確判斷企業能否實行或享受相關政策，這就導致執法過程中不能結合企業實際情況做出正確判斷。如調查過程中，一些企業反映，原本自身印刷生產過程是沒有 VOCs 排放的，然而上級到訪檢查後卻依然命令企業安裝回收設備，企業迫於壓力不得不安裝“沒用”的設備，這是一種資源的浪費，政府公信力受到質疑，破壞了印刷企業的健康有序發展。
